Cyberia 2 comienza exactamente donde termina la primera parte, despues de que en Cyberia (1) Zak se fusionara con el arma de Cyberia y se estrellan en las montañas, luego son rescatados por el Dr. Corbin...
3 años mas tarde la fuerza rebelde encabezada por Novelle Corbin (es la hija del Dr. Corbin, oficial de la FWA y comandante de la fuerza rebede en secreto) libera a Zak de una larga crio-congelación, no hay mucho tiempo, el Dr. Corbin extrajo muestras de Zak y junto a sus cientificos han comenzado a desarrollar un arma biológica de destrucción masiva en base a éstas para diezmar zonas las cuales el considera que son una "amenaza" para la FWA, pero la misma sangre de Zak contiene el antidoto, hay que inflitrarse en las minas de investigación y desarrollar éste antídoto antes de que el arma sea liberada, pero ¿dónde estan éstas minas?...
El juego sigue la misma temática que la primera parte, mitad aventura - mitad rail-shooter (y en algunos niveles una especie de "mezcla") pero presentando mejores graficos, cinemáticas mucho más pulidas y una musica que si la tuviera que calificar entre 1 y 10 le daria un 11.